Zraniteľnosti čipov, ktoré sa používajú aj na slovenských občianskych preukazoch, vzbudzuje obavy o bezpečnosť elektronickej komunikácie. Ak si držiteľ e-ID dôsledne chráni svoj bezpečnostný osobný kód BOK, podľa Ministerstva vnútra SR nie je dôvod na paniku.
Elektronická komunikácia v prostredí slovenského e-Governmentu totiž vyžaduje pri používaní elektronického podpisu opakované prihlasovanie cez BOK. Možnosť vzniku bezpečnostného problému je podľa doteraz zverejnených informácií len teoretická a vyžadovala by si dlhodobé nasadenie 640 serverov počas obdobia 1 roka. Okrem toho, dosiaľ všetky bezpečnostné certifikáty vydané certifikačnými autoritami BSI /Bundesamt fur Sicherheit in der Informationstechnik/ aj Národného bezpečnostného úradu SR sú platné.
Držitelia elektronických občianskych preukazov si svoje doklady nemusia meniť. Ak považujú riziko za vysoké, môžu certifikáty na tvorbu kvalifikovaného elektronického podpisu zneplatniť, buď využitím elektronickej služby alebo na oddelení dokladov. V krátkodobom horizonte bude riziko eliminované zväčšením generovaného kľúča a v strednodobom horizonte sa zmení celý algoritmus jeho generovania.
