Pracovný program Horizont 2020 obsahuje 17 tematických oddielov a všeobecné prílohy opisujúce pravidlá, akými sú štandardné podmienky prípustnosti a kritériá oprávnenosti, kritériá výberu a udeľovania grantov atď. Každá tematická časť popisuje celkové ciele, príslušné výzvy na predkladanie návrhov a témy v rámci jednotlivých výziev. Novinkou sú štyri vzájomne sa posilňujúce oblasti záujmu, ktoré presahujú hranice programu a sú zosúladené s hlavnými politickými prioritami: Budovanie nízkouhlíkovej spoločnosti odolnej voči klíme (LC); Spájanie hospodárskych a environmentálnych prínosov - Cirkulárna ekonomika (CE); Digitalizácia a transformácia európskeho priemyslu a služieb (DT) a Zvyšovanie účinnosti bezpečnostnej únie (SU). Spolu s týmito oblasťami sú spojené rozpočtové prostriedky vo výške viac ako 7 miliárd EUR (2018-2020).
Ide o posledný pracovný program Horizont 2020, ktorý umožní hladký prechod na akéhokoľvek nástupcu – spustený bol pilotný projekt Európskej inovačnej rady (European Innovation Council, EIC) aj pilotný projekt, ktorý zavádza paušálne sumy. V rámci prípravy finálnej verzie pracovného programu H2020 na roky 2018-2020 sa zohľadnili tiež výsledky konzultácií so zainteresovanými stranami a súvisiacie politické priority Európskej komisie ako jednotný digitálny trh, energetická únia či iniciatíva týkajúca sa vytvorenia Európskej rady pre inovácie (EIC).
