Tie si môžu uplatniť nielen pri výpočte daňového základu, ale 25% ich hodnoty si za stanovených podmienok môžu odpočítať ešte aj od vypočítaného základu dane ako tzv. superodpočet. Podľa analýzy CRIF – Slovak Credit Bureau dosiahol v roku 2015 uplatnený superodpočet len 9,2 milióna eur a v roku 2016 len 16,4 milióna eur. Slovenská vláda počítala s objemom až 24 miliónov eur ročne. Výhodu superodpočtu si v roku 2015 uplatnilo 83 podnikateľských subjektov, o rok neskôr 112 subjektov, pričom 51 z nich už druhýkrát. „Nízka sadzba superodpočtu v kombinácii so zvýšenými nákladmi na administratívu projektu a povinnosťou zverejnenia cieľov projektu ako citlivých informácií spôsobila neatraktívnosť tohto nástroja podpory výskumu a vývoja, a to najmä pre menšie, rastúce firmy z oblasti nových technológií a startupy, na ktoré mal byť prioritne orientovaný", zhodnotila analytička Jana Šnircová.
Ak mal byť superodpočet nástrojom motivácie pre podnikový výskum a vývoj v súlade s koncepciou Priemysel 4.0, očakávala by sa kumulácia superodpočtov najmä v priemyselných odvetviach Slovenska. Zastúpenie subjektov všetkých odborov priemyselnej výroby spolu je však menej ako polovičné, hoci na objeme superodpočtu v roku 2015 dominovali podielom takmer 75%, no v roku 2016 už iba 66%. Naopak, príležitosti sa chopili najmä podniky z oblasti počítačového programovania, poradenstva a súvisiacich služieb. Ich podiel v roku 2016 dosiahol na počte subjektov 14% a na objeme superodpočtu viac ako 22%.
Zákonodarca na nízky záujem reagoval novelou zákona o dani z príjmov, ktorú parlament schválil 7. 12. 2017. Novela od roku 2018 prináša do systému superodpočtu niekoľko zmien. Za najpodstatnejšiu sa považuje štvornásobné navýšenie superodpočtu: z doterajších 25% na 100% vynaložených daňovo uznateľných výdavkov.
