Ak je chladný prúd vzduchu nasmerovaný do tváre, vysušuje kožu, oči a prispieva k opakovaným zápalom očí, uší, prínosových dutín, aj k bolestiam zubov a trojklaného nervu. Pri prechode z chladného do horúceho prostredia môže prísť k tzv. teplotnému šoku, ktorý dokáže celkovo oslabiť organizmus. Klimatizáciu si preto nastavte tak, aby rozdiel teplôt medzi vonkajším a vnútorným prostredím nebol vyšší ako päť, maximálne sedem stupňov Celzia.
Klimatizačnú jednotku, filtre a vzduchové prieduchy odporúča ÚVZ SR udržiavať v čistote, inak sa môžu stať zdrojom plesní a baktérií. Celý klimatizačný systém si dajte raz ročne skontrolovať v servise. Súčasťou bežnej údržby je aj pravidelná dezinfekcia výparníka klimatizačnej jednotky.
Nesprávne používaná klimatizácia môže uškodiť a spôsobiť zdravotné problémy aj v aute. Najmä pri dlhších cestách, veľmi negatívny vplyv má najmä na alergikov. Prúdením vzduchu z ventilácie sa totiž rozhýbu čiastočky prachu s rôznymi druhmi baktérií. Okrem ochorení dýchacích ciest, bolestí hlavy alebo prechladnutia chrbtice môže nesprávne používanie klimatizácie v aute spôsobiť zápal stredného ucha, spojiviek a iných ochorení očí a uší.
Klimatizácia v aute sa odporúča pustiť na 10 – 15 minút za hodinu a prúd chladného vzduchu smerovať tak, aby nefúkal priamo na posádku - najlepšie je viesť ho na čelné sklo, prípadne k nohám. Aj v aute platí ideálny rozdiel teploty vonku a vnútri päť až sedem stupňov Celzia. Ak sa z auta často vystupuje a nastupuje, rozdiel teplôt by mal byť ešte nižší. Pri používaní klimatizácie v aute sa okolo výparníka kondenzuje voda obsiahnutá vo vzduchu na jadre výparníka, odkiaľ sa odvádza pod vozidlo. Okolo výparníka je neustále vlhké prostredie, čo je výborná živná pôda pre rôzne plesne, ktorých spóry sa nachádzajú vo vzduchu a často nepríjemne zapáchajú. Zlikvidujete ich antibakteriálnym sprejom.