Podľa Ministerstva dopravy a výstavby (MDV) SR ide technicky o včlenenie OP VaI do OP II, v ktorom vzniknú nové prioritné osi (9 až 13) s jedným riadiacim orgánom (ministerstvom dopravy) a jedným monitorovacím výborom. Ministerstvo školstva SR a Ministerstvo hospodárstva SR sa stanú sprostredkovateľskými orgánmi s delegovanými právomocami na implementáciu projektov v oblastiach podpory zameraných na výskum a inovácie. Sprostredkovateľským orgánom pre prioritnú os 7, ktorá je zameraná na informatizáciu spoločnosti, zostáva podľa nej naďalej Úrad podpredsedu vlády SR pre investície a informatizáciu. Prioritné osi 1 až 6 budú tak ako doteraz zamerané na rozvoj dopravy (cestná, železničná, vodná, verejná osobná doprava).
Celková alokácia zlúčeného operačného programu je vyše 8 miliárd eur vrátane povinných zdrojov zo štátneho rozpočtu. Počas harmonizácie systémov uskutoční MDV SR aj hĺbkový procesný audit za pomoci európskych expertov. Cieľom je nastaviť opatrenia na zlepšenie čerpania eurofondov na výskum a inovácie. Pôvodný OP Integrovaná infraštruktúra k 12. decembru 2019 vyčerpal vyše 1,7 miliardy eur (36 %) z celkovej alokácie 4,6 miliardy eur. V zmysle pravidla n+3 už ministerstvo dopravy, ktoré je riadiacim orgánom OP II, vysoko prekročilo svoj záväzok čerpania na rok 2019, čím sa vytvoril priestor - po zlúčení s OP VaI - na elimináciu prepadnutia eurofondov na výskum a inovácie.
