Európska komisia (EK) predložila členským štátom EÚ usmernenia o opatreniach na riadenie štátnych hraníc, týkajúcich sa zdravia v súvislosti s krízovou situáciou, ktorú predstavuje ochorenie COVID-19. Stanovujú zásady integrovaného prístupu k účinnému riadeniu hraníc s cieľom chrániť zdravie a zároveň zachovať integritu vnútorného trhu.
Ľudia ohrození šírením choroby COVID-19 by mali mať prístup k primeranej zdravotnej starostlivosti buď v krajine, do ktorej pricestovali, alebo v krajine, z ktorej sa chystajú odísť. Toto by malo byť koordinované medzi krajinami, ktorých sa to týka. Každý, kto vstupuje na územie členského štátu EÚ, môže byť podrobený zdravotným kontrolám aj bez zavedenia kontrol na vnútorných hraniciach únie. Rozdiel medzi bežnými zdravotnými kontrolami a hraničnými kontrolami spočíva v možnosti zamietnuť vstup do krajiny jednotlivým osobám. Chorým by sa nemal odoprieť vstup do krajiny, ale mal by sa im poskytnúť prístup k zdravotnej starostlivosti.
Členské štáty môžu opätovne zaviesť kontroly na vnútroschengenských hraniciach z dôvodov verejnej politiky, ktorá môže v extrémne kritických situáciách zahŕňať aj verejné zdravie. Takéto hraničné kontroly by sa však mali organizovať, aby sa zabránilo výskytu väčšieho množstva osôb (dlhé rady) na hraniciach, čo môže zvýšiť šírenie koronavírusu. Členské štáty by mali koordinovať vykonávanie zdravotných kontrol iba na jednej strane hraníc. Všetky hraničné kontroly by sa mali uplatňovať primeraným spôsobom a s ohľadom na zdravie ľudí. Členské štáty musia vždy prijať svojich vlastných občanov a obyvateľov s trvalým pobytom a mali by uľahčovať tranzit ďalších občanov a obyvateľov EÚ, ktorí sa vracajú do svojej domovskej krajiny. Voči cudzím štátnym príslušníkom môžu prijať opatrenia v podobe samostatnej izolácie, ak také požiadavky zavedú aj voči svojim vlastným občanom. Členské štáty by mali uľahčiť prechod cezhraničných pracovníkov, najmä (ale nielen) tých, čo pôsobia v sektore zdravotníctva a potravinárstva a služieb (starostlivosť o deti a starších ľudí).
EK chce zachovať voľný obeh tovaru na jednotnom trhu, čo považuje za rozhodujúce na udržanie dostupnosti základných tovarov, akými sú zásoby potravín - vrátane hospodárskych zvierat či dôležitého lekárskeho a ochranného vybavenia. Cieľom EK je, aby kontrolné opatrenia na hraniciach nespôsobili vážne narušenie dodávateľských reťazcov či toku základných služieb všeobecného záujmu a neohrozili národné ekonomiky a hospodárstvo EÚ ako celku. Členské štáty by preto na hraničných priechodoch mali určiť prioritné pruhy pre strategickú nákladnú dopravu, napríklad formou "zelených pruhov". Záujem EK je zachovať aj bezpečný pohyb pracovníkov v doprave vrátane vodičov nákladných vozidiel a vlakov, pilotov a posádok lietadiel. Podľa Európskeho úradu pre bezpečnosť potravín (EFSA) neexistuje dôkaz, že potraviny sú zdrojom alebo prenášačom ochorenia COVID-19.