Využívanie mobilných dát s cieľom zmapovať šírenie ochorenia COVID-19 musí byť v súlade s pravidlami Európskej únie (EÚ) na ochranu údajov a súkromia.
„Dokonca aj v týchto výnimočných časoch sa musia naďalej uplatňovať a dodržiavať zásady EÚ týkajúce sa ochrany údajov, konkrétne všeobecné pravidlá ochrany údajov (GDPR) a smernica o súkromí a elektronických komunikáciách‟, vyhlásil predseda Výboru EP pre občianske slobody, spravodlivosť a vnútorné veci Juan Fernando López Aguilar zdôrazňujúc, že výbor tento vývoj pozorne sleduje, a to z dôvodu vážneho rizika, ktoré takéto nástroje môžu predstavovať pre základné práva jednotlivcov na súkromný život a ochranu údajov. Viacero členských štátov EÚ aj Európska komisia využívajú alebo vyvíjajú nástroje na báze údajov z mobilných telefónov, ktoré by mali pomôcť zmapovať šírenie ochorenia COVID-19. Zozbierané dáta, ktoré mobilní operátori poskytujú vnútroštátnym orgánom, musia však byť najprv anonymizované, aby podľa nich nebolo možné identifikovať konkrétnu osobu. Európsky dozorný úradník pre ochranu údajov a Európsky výbor na ochranu údajov zdôraznili, že informácie poskytované vnútroštátnym orgánom môžu byť využívané, pokiaľ sú anonymizované a neumožňujú akokoľvek identifikovať jednotlivcov. Musia byť však prijaté prísne bezpečnostné opatrenia týkajúce sa využívania informácií, prístupu k nim a ich ukladania, ako aj prísnych lehôt ich uchovávania.
Ďalšie opatrenia a nástroje, ktoré v niektorých členských štátoch uplatňujú vnútroštátne orgány či splnomocnene súkromný sektor, si vyžadujú poskytovanie so zdravím súvisiacich osobných údajov, prípadne umožňujú aplikáciám sledovať polohu či kontakty jednotlivcov. Niektoré z týchto aplikácií fungujú na báze súhlasu jednotlivca s poskytnutím údajov, v časti členských štátov však môžu osoby testované pozitívne na COVID-19 nadobudnúť dojem, že poskytnutie osobných údajov je ich povinnosťou. Tieto údaje umožnia vnútroštátnym orgánom vystopovať pohyb danej osoby a jej predchádzajúce kontakty, ale tiež si overiť, či dodržala všetky povinnosti vyplývajúce z karantény či iného obmedzenia slobody pohybu v krajine. Poslanec López Aguilar zdôraznil, že tieto nástroje by mohli vážne zasiahnuť do základných práv na súkromný život a na ochranu osobných údajov a že sa v podstate rovnajú stavu, keď sú jednotlivci sledovaní. V tejto súvislosti podčiarkol dôležitosť vnútroštátnych orgánov na ochranu údajov, ktoré sú podľa jeho slov plne kompetentné dohliadať na tieto aktivity a presadzovať právne predpisy EÚ v oblasti ochrany údajov. Vyzval ich, aby najnovší vývoj pozorne sledovali a Európsky výbor na ochranu údajov požiadal, aby v tejto oblasti okamžite vydal jasné pokyny.