Odpadové vody z najväčšej čistiarne odpadových vôd vo Vrakuni a z čistiarne odpadových vôd Petržalka boli dlhodobo monitorované na prítomnosť RNA fragmentov vírusu SARS-CoV-2 v mesiacoch apríl až jún a september. Výsledky analýz počas monitoringu za obdobie apríl - jún nepreukázali detegovateľnú prítomnosť vybraných RNA fragmentov vírusu. Ich prítomnosť sa po prvý raz potvrdila v odberoch vzoriek získaných z ČOV Vrakuňa a ČOV Petržalka dňa 29. 9. 2020. Rovnako boli RNA fragmenty vírusu nájdené v prítoku na ČOV Vrakuňa a ČOV Petržalka dňa 6. 10. 2020. Preto aj v súčasnosti naďalej intenzívne prebieha monitoring odpadových vôd. Údaje pochádzajú z projektu VIR-SCEN, ktorý zastrešuje Oddelenie environmentálneho inžinierstva Fakulty chemickej a potravinárskej technológie STU, ktorá okrem Bratislavskej vodárenskej spoločnosti spolupracuje aj s Ústavom molekulárnej biomedicíny Lekárskej fakulty a Katedrou molekulárnej biológie Prírodovedeckej fakulty Univerzity Komenského. Sledovanie koncentrácie fragmentov RNA vírusu v odpadových vodách by mohlo naznačiť, či sa ochorenie COVID-19 medzi populáciou šíri alebo je skôr na ústupe.
BVS aj realizátor tohto projektu zdôrazňujú, že identifikované RNA fragmenty vírusu SARS-CoV-2 prítomné v odpadových vodách nie sú podľa súčasného poznania a stanoviska Svetovej zdravotníckej organizácie (WHO) pre človeka infekčné. Pitná voda v regióne BVS je z epidemiologického pohľadu maximálne bezpečná. Vodárenské zdroje fungujú v sprísnenom režime a preventívne pridávanie zlúčenín chlóru do verejných vodovodov v plnej miere stačí na jej ochranu.