Sústavu NATURA 2000 na Slovensku tvorí 41 chránených vtáčích území a 642 území európskeho významu. Jedným z hlavných cieľov projektu je dobudovanie a zefektívnenie opatrení starostlivosti o jednotlivé územia tejto sústavy. Projekt má taktiež prispieť k zlepšeniu prepojenosti jednotlivých území, posilniť personálne kapacity a zvyšovať environmentálne povedomie. Jedným z výstupov má byť aj analýza dopadov na zmenu klímy na sústavu NATURA 2000, čo sú naše osobitne chránené územia. Súčasťou projektu bude realizácia opatrení na revitalizáciu riek, ochranu biotopov rašelinísk, obnovu biotopov trávnatých porastov a mokradí.
Projekt prináša spoluprácu rezortov životného prostredia a pôdohospodárstva, ale taktiež spoluprácu s neštátnymi subjektmi a neziskovými organizáciami s celoslovenskou pôsobnosťou. Popri MŽP je do projektu zapojených 6 ďalších projektových partnerov: Štátna ochrana prírody SR, Svetový fond na ochranu prírody Slovensko, Národné lesnícke centrum, Daphne - Inštitút aplikovanej ekológie, Slovenský vodohospodársky podnik a Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského. Spolupracujúcimi inštitúciami sú Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR, Slovenská agentúra životného prostredia a Technická univerzita vo Zvolene.
