Komisár pre spravodlivosť Didier Reynders vo Výbore pre občianske slobody zdôraznil cieľ návrhu, ktorým je uľahčenie voľného pohybu a nediskriminácie občanov EÚ počas pandémie. Poslancov ubezpečil, že Európska komisia je pripravená dokončiť potrebné technické práce na infraštruktúre do konca júna a z certifikátov by nemala vzniknúť centrálna databáza na úrovni EÚ. Viacerí europoslanci varovali pred tým, aby sa osvedčenie nestalo „de facto“ predpokladom pre cestovanie po Európe, čo by narušilo jeho zamýšľaný účel uľahčenia voľného pohybu. Naliehavo vyzvali Európsku komisiu, aby zostala ostražitá a presadzovala voľný pohyb tvárou v tvár potenciálnym krokom členských štátov.
Poslanci tiež poukázali na nedostatok konsenzu v otázke získania imunity a poznamenali, že Európska komisia bude musieť pri navrhovaní osvedčenia brať do úvahy budúci vedecký vývoj a medzinárodné normy. V diskusii sa hovorilo aj o situácii osôb očkovaných vakcínami, ktoré v súčasnosti EMA neuznáva. Niekoľko poslancov požadovalo objasnenie vzťahu medzi certifikátom EÚ a podobnými, ale samostatnými národnými iniciatívami v členských štátoch, ktoré sa zaoberajú ich vlastnými zdravotnými certifikátmi. Iní poslanci tiež poukázali na to, že občania nevyhnutne potrebujú prístup k dostupným testom PCR, aby sa zabránilo možnej diskriminácii neočkovaných osôb.
Európsky dozorný úradník pre ochranu údajov Wojciech Wiewiórowski predstavil výboru spoločné stanovisko EDPS a Európskej rady pre ochranu údajov k návrhu Európskej komisie. Poslanci zdôraznili potrebu mať v technických riešeniach vysoké štandardy ochrany údajov v súlade s pravidlami EÚ na ochranu údajov a súkromím už od návrhu, ako aj jasné vymedzenie toho, kto je zodpovedný za zber a spracovanie údajov.