Čerpanie európskej finančnej pomoci je dlhodobo problematickou témou, na ktorú upozorňuje Najvyšší kontrolný úrad SR (NKÚ) pravidelne. V rámci programového obdobia 2014–2020 mohla Slovenská republika využiť 13,7 mld. eur, ale k záveru minulého roka sa podarilo vyčerpať len 39,7 % z alokovaných európskych financií (približne 5,5 mld. eur). V rámci platných pravidiel sa prostriedky z ukončeného sedemročného programového obdobia môžu postupne čerpať až do konca roku 2023.
Napriek prijímaným opatreniam je Slovensko každý rok na konci rebríčka čerpania zo všetkých členských štátov Európskej únie. Do konca minulého roka sa naša krajina nedokázala dostať cez hranicu 40 % čerpaných prostriedkov. Doteraz najviac prostriedkov išlo tradične do oblasti dopravy, v ktorej sa už podarilo vyčerpať 2,16 mld. eur, čo však predstavuje iba 36 % z celkovej alokácie. Kontrahovanie bolo v rámci tohto programu na úrovni 80 % z celkovej alokácie. Vzhľadom na to, že v ostatných rokoch nastali pri dopravných projektoch vážne pozemkové, stavebnotechnické problémy, ako aj problémy pri verejnom obstarávaní, môžu nastať komplikácie, ktoré v konečnom dôsledku bude musieť riešiť vláda z národných, nie alokovaných európskych zdrojov. Kontrolóri poukazujú tiež na zvýšenie finančných opráv z titulu nezrovnalostí, ktoré sa dostali na úroveň 200 mil. eur.
Nízka výška čerpania nie je dobrým signálom hlavne v období, kedy sú verejné rozpočty výrazne zaťažené mimoriadnymi výdavkami spojenými s minimalizáciou dopadov celosvetovej pandémie spôsobenej ochorením COVID-19. Konsolidovaný dlh verejnej správy sa vyšplhal k 55 mld. eur a v porovnaní s rokom 2019 tak vzrástol o takmer 10 mld. eur. Slovenská republika sa napriek nepriaznivému vývoju stále drží uprostred členských krajín EÚ s dlhom 60,6 % HDP. Dlh na jedného obyvateľa Slovenska je už nad úrovňou 10.100 eur. Výšku celkového verejného dlhu najvýraznejšie ovplyvnili výdavky štátneho rozpočtu (23,5 mld. eur), ktoré boli v mimoriadne zložitom rozpočtovom roku o 7,8 mld. eur vyššie ako príjmy (15,7 mld. eur). Vládne výdavky 1,8 mld. eur, ktoré priamo súviseli s riešením mimoriadnej situácie spôsobenej ochorením COVID-19 zahrňujú aj európske prostriedky využité na úhradu výdavkov podpornej schémy Prvá pomoc vo výške 251,9 mil. eur a na poskytovanie úverov pre podnikateľov v sume 83 mil. eur. Podľa Rakúskeho inštitútu pre ekonomický výskum (WIFO) Slovensko v roku 2020 vynaložilo na boj proti koronavírusu 4,9 % HDP. V porovnaní s finančnou krízou z roku 2009 slovenská vláda vyčlenila na boj s pandémiou dvanásťnásobne viac verejných zdrojov.