Najčastejšie sa ľudia pýtajú na poplatky, ktoré im účtujú prepravcovia, a to najmä za manipuláciu so zásielkou či samotné zastupovanie v colnom konaní. Finančná správa žiadnym spôsobom tieto poplatky nevyberá ani neurčuje. Ide výhradne o poplatky za služby poskytnuté prepravnými spoločnosťami vrátane Slovenskej pošty, vyčíslené podľa aktuálneho cenníka ich poskytovateľov a finančná správa nemôže do nich zasahovať. Ak klient nemá záujem, aby Slovenská pošta preclila jeho zásielku a chce si ju precliť sám cez e-commerce portál, musí o tom poštu informovať zaslaním príslušného tlačiva, a to 48 hodín pred príchodom zásielky na územie Slovenska. Odporúča sa, aby sa klienti vždy dôkladne oboznámili s podmienkami prepravcov ešte predtým ako ich zásielka príde na Slovensko, a to najlepšie už pri objednávaní tovaru.
Rovnako to platí aj v prípade úhrady DPH, aby nebola uhradená dvakrát. Kupujúci môže uhradiť DPH dvomi spôsobmi. V prvom prípade má možnosť zaplatiť ju priamo pri objednaní tovaru registrovanému predajcovi z tretej krajiny alebo sprostredkovateľovi predaja na diaľku. Predajcovia alebo sprostredkovatelia predaja, ak budú využívať osobitnú úpravu pre predaj na diaľku (tzn. aj s platenou DPH), musia byť registrovaní daňovými orgánmi v niektorom členskom štáte v EÚ a majú pridelené osobitné číslo IOSS. Toto číslo poskytne klientovi alebo prepravcovi tovaru predajca alebo sprostredkovateľ predaja a bude sa začínať písmenami IM, ktoré následne klient alebo prepravca tovaru uvedie v colnom vyhlásení. Ak zaplatí klient DPH týmto spôsobom a bude uvedené IOSS číslo v colnom vyhlásení, nebude už pri reálnom dovoze platiť žiadny colný poplatok. Ak by za klienta podával colné vyhlásenie prepravca, ktorý v tom čase nemal vedomosť o IOSS čísle a teda ho ani neuviedol do colného vyhlásenia, musí klient v prípade opätovnej úhrady DPH kontaktovať tohto prepravcu, poskytnúť mu potrebné dôkazy o úhrade DPH pri objednávaní tovaru aj s IOSS číslom a následne s ním doriešiť potrebné formality spojené s nesprávne podaným colným vyhlásením. Ak predajca alebo sprostredkovateľ predaja na diaľku nie je registrovaný v niektorom členskom štáte, je druhou možnosťou zaplatenie DPH priamo colným orgánom v krajine skončenia prepravy, a to buď pri podávaní colného vyhlásenia alebo zaplatením prepravcovi tovaru, ktorý bude mať na to vydané povolenie od colných orgánov.
Ak klient nezaplatí DPH pri objednaní tovaru, má možnosť podať colné vyhlásenie aj sám. Ak je colné konanie bez problémov, vždy je vyzvaný elektronickou správou na zaplatenie DPH. Po úhrade sa platba automaticky priradí k príslušnému colnému vyhláseniu. Po spárovaní úhrady informujú colné orgány klienta o prepustení tovaru prostredníctvom elektronickej správy. Colné vyhlásenie je možné podať až v prípade, ak je zásielka nízkej hodnoty už na Slovensku. Dôležité je tiež, aby boli klienti súčinní a mysleli na to, že ich povinnosť sa nekončí podaním colného vyhlásenia. Môže sa stať, že ich colné orgány vyzvú k doloženiu dokladov, napríklad v prípade kontroly. Za tieto úkony si však finančná správa tiež neúčtuje žiadne poplatky.