Neziskové organizácie, resp. neziskové účtovné jednotky (napr. občianske združenia, cirkvi a náboženské spoločnosti, neziskové organizácie poskytujúce všeobecne prospešné služby, nadácie, neinvestičné fondy, spoločenstvá vlastníkov bytov a nebytových priestorov a podobne) majú od 1. januára 2022 povinnosť ukladať účtovné závierky a ostatné účtovné dokumenty (správa audítora, výročná správa) iba v elektronickej forme aj v prípade dokumentov za predchádzajúce účtovné obdobia. Účtovná závierka sa do registra ukladá prostredníctvom elektronickej podateľne FR SR. Na splnenie danej povinnosti sú na portáli finansnasprava.sk k dispozícii elektronické formuláre. Ich použitie závisí od skutočnosti, či nezisková organizácia účtuje v sústave jednoduchého alebo podvojného účtovníctva a tiež od typu podávaného účtovného dokumentu.
V prípade subjektov verejnej správy (SVS) sa účtovné dokumenty doručujú prostredníctvom systému štátnej pokladnice, teda cez Centrálny konsolidačný systém a Rozpočtový informačný systém pre samosprávu. Ak je účtovná jednotka SVS, je povinná podávať riadnu účtovnú závierku a dokumenty s ňou súvisiace cez príslušný informačný systém Ministerstva financií SR. Rovnaká povinnosť platí aj v prípade mimoriadnej účtovnej závierky. Overenie, či účtovná jednotka je SVS, sa vykoná na stránke Štatistického úradu SR v časti Databázy - Subjekty verejnej správy. V prípade, že SVS je v konkurze alebo v likvidácii a podáva priebežnú účtovnú závierku, podáva ju cez portál finančnej správy v termíne na podanie daňového priznania.
Viac informácií o ukladaní účtovných dokumentov do registra účtovných závierok je zverejnené na portáli finančnej správy v časti „Príručky, návody a videonávody“ a tiež na webovom sídle registra účtovných závierok v časti „Často kladené otázky“. Ukladať účtovné dokumenty nie je povinná okrem Slovenskej informačnej služby ani nezisková organizácia, ktorá nemá povinnosť predkladať daňové priznanie k dani z príjmov právnických osôb, overenia účtovnej závierky audítorom alebo jej to neustanovuje osobitný predpis. Finančná správa upozorňuje, že daňové priznanie k dani z príjmov právnických osôb je naďalej možné podať aj v listinnej podobe, ak organizácia nie je povinná doručovať elektronicky.