Oba nástroje využíva na Slovensku už veľa firiem. Hoci im zákon umožňuje vo veľkej miere optimalizovať dane, odborníci z Highgate Law & Tax upozorňujú, že nie každú takúto optimalizáciu daňoví kontrolóri uznajú. Využitie patent boxu ako aj superodpočtu je štandardne možné iba v prípade, ak daňovník vykonáva nejakú výskumno-vývojovú činnosť. Tá však musí byť dostatočná na to, aby naplnila znaky kvalifikovanej aktivity pre účely patent boxu alebo superodpočtu. Patent box je riešením nielen pre IT firmy, ale aj iné spoločnosti, ktoré vyvíjajú vlastné softvéry, patenty, alebo úžitkových vzorov. Superodpočet, ktorý môže byť tento rok do výšky 100% nákladov, je riešením najmä pre výskumníkov. „Kým pri patent boxe je potrebné, aby bol nehmotný majetok (t.j. vynález chránený patentom, technické riešenie chránené úžitkovým vzorom alebo softvér) aktivovaný v účtovníctve, pri superodpočte nie je povinné, aby projekt dosahoval ekonomické úžitky. Daňovú výhodu v podobe superodpočtu tak môže daňovník získať napriek tomu, že jeho výskum alebo vývoj nepovedie k daňovým príjmom. Ak však firma vykonáva inú, ziskovú aktivitu, superodpočet mu dovoľuje znížiť jeho celkový základ dane“, vysvetľuje Peter Varga. Ak vynález umožňuje firme tiež generovať zisk, môže si pri optimalizácii daní uplatniť oba spomínané nástroje naraz. Na ten istý projekt výskumu a vývoja (vrátane vývoja počítačového programu) si môže uplatniť tak patent box superodpočet a po odrátaní nákladov na jeho vývoj a výskum môže príjmy z využitia tohto nehmotného aktíva zdaňovať iba z polovice.
Pri každom vývoji musí vznikať nové poznanie. Keďže ani právny, ani daňový poradca nie je kvalifikovaný, aby určil, či túto aktivitu daňovník v skutočnosti vykonáva, súčasťou tímu u daňovníka by mal byť aj technický poradca. Ten posúdi, či ide o výskumno-vývojovú činnosť. „Kľúčové na uplatnenie super odpočtu (najmä pre IT firmy) je posúdenie, či v ich konkrétnom prípade naozaj ide o výskum a vývoj. Tu treba vychádzať napríklad z postupov účtovania, zákona o organizácii štátnej podpory alebo príručiek OECD“, zdôrazňuje Peter Varga. Na uplatnenie super odpočtu je potrebné identifikovať konkrétny výskum a vývoj, založiť projekt a aj ho zrealizovať. Ten musí mať svoju projektovú a účtovnú smernicu. Tiež by mal obsahovať transparentnú kalkuláciu výdavkov a plán činností. Inými slovami, predmetný projekt výskumu a vývoja musí byť inštitucionalizovaný. Aj preto, že nie na všetky daňové výdavky súvisiace s vývojom a výskumom je možné uplatniť superodpočet, musí byť príslušná účtovná evidencia prehľadne evidovaná a preukázateľná pri prípadnej daňovej kontrole. Navyše, výdavok, ktorý už bol podporený z verejných zdrojov (napríklad prostredníctvom daňových úľav podľa § 30b zákona o dani z príjmov) nemôže byť predmetom super odpočtu.
V Čechách je prax aj s daňovými kontrolami v tejto oblasti významne bohatšia ako na Slovensku. Aj preto je Česko pre slovenskú finančnú správu zdrojom kvalifikovaných inšpirácií, ako k týmto inštitútom pristupovať. Dôvodom pre tieto slovensko-české synergie je aj skutočnosť, že kritéria pre kvalifikáciu na výskumno-vývojový projekt vychádzajú z rovnakých medzinárodných štandardov.
