Európska komisia rozhodla o postúpení veci Slovenska Súdnemu dvoru Európskej únie, pretože v plnej miere nesplnilo povinnosti týkajúce sa zberu a čistenia vôd stanovené v smernici o čistení komunálnych odpadových vôd (smernica 91/271/EHS). Cieľom uvedenej smernice je chrániť zdravie ľudí a životné prostredie, preto sa podľa nej vyžaduje, aby sa komunálne odpadové vody pred vypustením zbierali a čistili. Mestá a veľkomestá (aglomerácie) musia vybudovať potrebnú infraštruktúru na zber a čistenie svojich komunálnych odpadových vôd.
Nezozbierané alebo nevyčistené odpadové vody môžu ohroziť ľudské zdravie a znečistiť jazerá, rieky, pôdu, pobrežné a podzemné vody. Postúpenie veci sa týka 25 aglomerácií na Slovensku, ktoré nespĺňajú požiadavky smernice o čistení komunálnych odpadových vôd. Slovensko v 17 z týchto aglomerácií nezabezpečilo sekundárne čistenie odpadových vôd vypustením. V deviatich aglomeráciách sa nevykonáva žiadna dodatočná biologická úprava komunálnej odpadovej vody zahŕňajúca odstránenie dusíka a/alebo fosforu. V jednej aglomerácii sa vyskytujú oba tieto problémy. Vo februári 2017 komisia zaslala Slovensku formálnu výzvu, po ktorej v novembri 2019 nasledovalo odôvodnené stanovisko. Napriek určitému pokroku slovenské orgány ešte nevyriešili problémy v plnej miere. Komisia dospela k záveru, že úsilie slovenských orgánov zatiaľ nebolo dostatočné, a preto vec Slovenska postupuje Súdnemu dvoru Európskej únie.
Členské štáty sú podľa smernice o čistení komunálnych odpadových vôd povinné zabezpečiť, aby voda vypúšťaná z čistiarní komunálnych odpadových vôd prevádzkovaných v aglomeráciách minimálne s 2 000 obyvateľmi spĺňala aspoň kritériá sekundárneho čistenia (teda čistenia organickej hmoty v komunálnych odpadových vodách) pred tým, než sa vypustí. Ak aglomerácia svoju odpadovú vodu vypúšťa do citlivej oblasti, musí zabezpečiť dôkladnejšie čistenie než len sekundárne. Zmluva o pristúpení obsahuje dve priebežné lehoty na splnenie požiadaviek (31. december 2010 a 31. december 2012). Konečná lehota na to, aby Slovensko splnilo smernicu o úprave odpadovej vody podľa Zmluvy o pristúpení uplynula 31. decembra 2015.